Действие аниме разворачивается в альтернативном мире, стилизованном под феодальную Японию, где множество малых государств управляются властными дайме. В каждом из этих государств тайно располагаются деревни, населенные ниндзя. Центральной фигурой в этих деревнях является Кагэ, который отвечает за распределение ролей среди воинов. Ниндзя играют ключевую роль в защите своих территорий и выполнении секретных заданий, за которые они получают щедрые вознаграждения от могущественных правителей.

События начинаются за двенадцать лет до основного сюжета, когда на одну из таких деревень нападает могущественный демон-лис. Ни один из ниндзя не мог противостоять этому монстру, и в итоге глава деревни принимает решение запечатать демона в теле своего новорожденного сына. Таким образом, малыш Наруто становится носителем этой разрушительной силы, что делает его изгоем в собственной деревне. Несмотря на героический поступок своего отца, Наруто вынужден бороться за признание и уважение со стороны своих сограждан.

Взрослея, Наруто стремится доказать свою ценность и стать настоящим героем, несмотря на то, что внутри него скрывается потенциальная угроза. Его путь полон испытаний и приключений, в которых он учится контролировать свои силы, завоевывать доверие других ниндзя и постепенно раскрывать тайны своего происхождения. Наруто не только стремится стать сильнее физически, но и духовно, стремясь к гармонии с окружающим миром и к пониманию своей уникальной роли в защите своей деревни и всего мира ниндзя.