В аниме "Доктор Стоун" рассказывается о Тайдзю, старшекласснике, который пережил необычное и трагическое событие. Во время попытки признаться в своих чувствах перед любимой девушкой, Тайдзю и все люди вокруг неожиданно превратились в каменные статуи из-за магического взрыва. Тайдзю, благодаря своей глубокой любви, остался нетронутым этим проклятьем, но оказался один в мире, где все его знакомые и близкие застыли в бездействии.

Проходит время, и Тайдзю, наконец, приходит в себя, обнаружив, что мир вокруг него полностью изменился. Его любимая девушка, как и все остальные, превратилась в камень. В поисках ответов и способов вернуть мир к жизни, Тайдзю встречает Сэнку, который также избежал превращения в камень. Вместе они решают объединить усилия, чтобы найти способ освободить всех заколдованных людей и восстановить прежний порядок на земле.

Тайдзю и Сэнку отправляются в долгое и опасное путешествие, наполненное множеством испытаний и препятствий. Их миссия становится все более сложной, но они не теряют надежды и решимости. В процессе своего путешествия они учатся новым навыкам и технологиям, чтобы противостоять не только природным, но и сверхъестественным угрозам. Их главная цель — вернуть любимую девушку Тайдзю и всех остальных к жизни, восстановив тем самым мир, который был до взрыва.