После смерти родителей Такэру Яги, его взял под свою опеку Рокуносукэ Тома, глава семьи Тома. В новом доме Такэру находит множество близких друзей и родственников, включая своего лучшего друга и соперника по кэндо, Такэси Ямато, своих сводных сестер Котоно и Асуку Сиратори, а также подругу детства Сэри Осу. Эти отношения делают его жизнь полной радости и приключений, но все меняется в один трагический день.

Мощное землетрясение разрушает школу Такэру, и когда он приходит в себя среди обломков, перед его глазами предстает жуткая картина. Школа, которую он знал и любил, превратилась в столетние руины, а все учителя и ученики исчезли бесследно. Вскоре он находит Сэри и Асуку, и трое спешно покидают разрушенное здание, пытаясь понять, что же произошло.

Исследуя город, ребята обнаруживают, что его население также бесследно исчезло. Это открытие ставит перед ними множество вопросов и страхов. Как они будут жить в этом пустынном мире? Что случилось с их семьями и друзьями? Такэру и его друзьям предстоит не только выживать, но и разгадать тайну исчезновения всех жителей города, чтобы найти свой путь в этом новом, пугающем мире.